Vyšetření žáka v PPP/SPC probíhá dle doporučení základní školy nebo na žádost rodičů. Před vyšetřením musí rodiče podepsat souhlas s poskytnutím informací o dítěti.
Třídní učitel ve spolupráci s dalšími vyučujícími a speciálním pedagogem ŠPP vyplní dotazník o dítěti, který se spolu se souhlasem s vyšetřením odesílá do poradny. V tomto dotazníku jsou uvedeny základní údaje o dítěti spolu s kontaktem na rodiče, dále informace o výkonech žáka ve čtení, psaní, v matematice, cizím jazyce a dalších předmětech, o jeho výslovnosti, samostatnosti, chování i o zájmech a motivaci.
Rodiče kontaktují PPP/SPC a domluví si termín vyšetření. Vyšetření dítěte by mělo proběhnout do 3 měsíců od odeslání žádosti ze školy. Do poradny je vhodné vzít s sebou školní sešity a písemné práce (na vyžádání poskytne třídní učitel žáka).
Při odborném vyšetření v SPC nebo PPP se zjišťuje anamnéza dítěte a probíhá testování – psychologické (míra nadání, IQ) a speciálně-pedagogické (poruchy učení nebo chování).
PPP nebo SPC vyhotoví zprávu z vyšetření, kterou obdrží rodiče, a Doporučení, které je škole zasláno datovou schránkou. Každé doporučení je projednáno (rodič žáka, třídní učitel a speciální pedagog nebo výchovný poradce). Na základě informací v Doporučení zpracuje škola individuální vzdělávací plán nebo plán pedagogické podpory (dále jen IVP nebo PlPP) , kde je uvedena speciální péče o žáka – např. způsob klasifikace, speciální postupy v hodinách, pomůcky, domácí příprava, nápravné reedukace aj.
Další kontrolní vyšetření probíhá v PPP/SPC a je stanoveno obvykle poradenským zařízením a napsáno v Doporučení nebo je realizováno při přestupu žáka na druhý stupeň, v posledním ročníku nebo při zhoršení potíží žáka.